所有的轩辕弟子，在经过数次试炼之后，渐渐的认同南天真君的指挥，他不同于石玑掌门的刚硬政策，这时南天真君的特性显现，他从来都是那不显山漏水，但是运筹帷幄，一切全部在战前安排妥当，决胜于千里之外。
当年余则成抢夺洪荒级演武道场，就是一个例子。只要出剑，那就是胜利，南天真君带领着轩辕剑派，走上了另外一个辉煌的道路。
不过也有人欢喜有人愁，原来的轩辕剑派五祖，除了有熊祖师飞升，风师、雨伯、应龙、汉魃，这些时间全部消失，他们对南天真君的号令，几乎是爱答不理。
风师师祖将南天真君的九阶飞剑赌丢，不好意思面对南天，只好离开，雨伯和他形影不离，自然跟着离开。
应龙、汉魃没有继承掌门之位，他们和南天真君的师父是师兄弟，现在被一个侄子辈的小辈指挥，自然心中不满。
所以他们纷纷出走其他地域，到那古秦，楚西，不在天南轩辕剑派总门修炼。
他们一走，像王舒原，道痕真君等弟子，也跟着他们离开，顿时轩辕剑派精英弟子离开不少，轩辕剑派出现一个无形的危机。
南天真君只是一笑，也不理他们，只管默默下达命令，随着他的试炼任务，第二年汲水真人，晨曦真人，香川真人，一心真人，在他的帮助下，相续结成元婴，他们三个都是南天真君的好友，顿时间轩辕剑派势力形式改变，他们一下子填补了四大师祖离开的漏洞。
同时在南天真君的帮助之下，第二批筑基修士，大半成功结丹，然后开始大收门徒，失去的弟子，一一补回，所有轩辕弟子全部认同了南天真君的权威。
南天真君的执政手段是胜利在战斗之前，凡是和轩辕剑派为敌者，不是莫名遇袭，就是门派内斗，要不就是被其他仇人攻击，不用说攻打轩辕剑派，就是这种想法都没有时间诞生。
这个时期，轩辕剑派没有任何威名在天下传播，但是却是最近千年，最强大的时期，善战者赫赫无功。
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